En python (vlns) :

#! /usr/bin/python import os, string

#récupère le répertoire courant rep = os.getcwd()

#charge les fichiers du répertoire rep = répertoire courant liste = os.listdir(rep)

#balaye la liste de fichier for fichier in liste:

#chaque nom de fichier est décomposé en une liste si il comporte des espaces

  fichiereclate = string.split(fichier)

#puis la liste est agglomérer avec un _

  sansespace = string.joinfields(fichiereclate,'_')

#si le nom de fichier de base à été modifié, cela veut dire qu'il possédait des espaces

  if fichier!=sansespace:
      print fichier +" " + sansespace
      os.rename(fichier,sansespace)

En shell (SylvainB) :

    for i in * ; do mv "$i" `echo $i | tr "àçéèêëîïôöùüÂÇÉÈÊËÎÏÔÖÙÜ " "aceeeeiioouuACEEEEIIOOUU_"` ; 

Méthode pour passer les noms de fichiers de majuscules en minuscules :

for i in *; do mv $i `echo $i | tr '[A-Z]' '[a-z]'`;done

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merci aux contributeurs